1995年的某天清晨，
日本發生了阪神大地震。
為了救青梅竹馬夏月，
宮本因此受了傷，
但是這卻為她們的友情定下了更穩固的基礎。

2000年，
當時聖法蘭西斯中學國中部的學生會幹部們都已是高中生，
在一次乘船畢業旅行中，
突然天色大變為紅色，
接著發生了地震，
一群夥伴們來到了江戶時代。
而這個時代卻馬上會發生革命戰爭，
誰知道，
本來應該是這次革命发動的領導者───益田四郎(天草四郎）卻意外生亡了。
而夏月竟被當地居民誤會為天神附體的四郎，
劍術高超的夏月便以四郎之名，
逐漸和革命戰爭扯上關係。

為了拉攏劍豪───宮本武藏(失去記憶的宮本政希）
而出發的夏月與英里一行人在山中遇到強盜，
就在此時，
宮本出現了…