在遙遠的未來，隨著南極冰層的融化，一萬兩千年前隨亞特蘭帝斯大陸深入海底的有翼種族“墮天翅族”突然出現，他們攜帶著生物機械兵器“神話獸”不斷襲擊人類，奪取他們身體中的生體能量“普拉納”，這場浩劫造成2/3的人死於非命。
從此地球開始了“創聖紀”紀元，人類在強大敵人的攻擊下苟延殘喘。創聖紀0011年隨著海底遺蹟發現的三台神秘機體“超刃— VcetorMachine”的出現，人類終於有了反擊的希望。VcetorMachine是一萬兩千年前滅亡墮天翅族的傳說兵器，並且可以三台合體成為巨大的“機械天使Aquarion”，擁有十分強大的戰力。而要能駕馭VcetorMachine，則需要能與這些機械生命産生感應並共鳴的 “Element”，也就是擁有特殊體質的人類。他們的特點是擁有敏銳的五感以及純淨的靈魂，並且是十來歲的年輕男孩女孩……8個少男少女就作為 Element集合在了一起，究竟人類與墮天翅族間的戰鬥將去向何方？