故事發生在江戶時代即將邁入明治時代的時期。
此時的日本由於新政府和西洋的近代化政策而發生招急劇的變化。股市的舞臺是明治新京都。在穿者和服的日本人和穿這樣裝的外國人之間遊蕩的，是持有“許可證的”妖怪們。只有持有了由政府機關發放對許可證的妖怪才可以與人們共同生活，而爲了捕獲那些沒有許可證的妖怪們，守衛京都的組織也就誕生了。他的名字叫做機動新撰組（股份公司… - -）。在另一方面，時代也在發生招急劇的變化。在這混雜的大街上，伴隨招?#092;多的妖怪，出現了一個從上海歸來的青年。他的名字叫做阪本龍之介，是那個維新英雄阪本龍馬的兒子……