圣杯，那是传说中可实现持有者一切愿望的宝物。
圣杯战争，则是为了使这圣杯出现并将其夺取的杀戮的仪式。由圣杯选择出的七名魔术师，他们被称为Master。而由圣杯选择的七位英灵,他们被分为七个职阶，以使魔的身份被召唤出来，被称为Servant。而每个Master就与Servant的其中一人结下契约，与其他的Master与Servant争夺圣杯，也就是说，要除掉其他的魔术师，存活到最后，以证明自己是最强的。这，就是发生在冬木市的圣杯战争。
主人公卫宫士郎，在十年前一场发生在冬木市的特大火灾夺去了自己的家庭，而在他醒来之后，他的过去的记忆差不多全部丧失，而将他从火场救出的那个男人——卫宫切嗣的身姿，则永远地烙印在了他的头脑之中，他发誓，长大之后一定要成为“正义的伙伴”，拯救所有受到苦难的人们。因此，在卫宫切嗣收养了他，告诉他自己是个魔术师之后，他就硬缠着切嗣要学习魔术，想以此实现自己的理想。但是由于他没有才能，过了好几年也依然只学会了一种魔术。在卫宫切嗣已经去世数年后的现在，他仍然只是个半调子的魔术师。而有一天，士郎在偶然的情况下被卷入了servant的战斗之中，之后在逃避追杀的时候，不知为何居然召唤出了这次圣杯战争最后一个未被召唤的职阶的Servant——Saber，并与她结下了契约。而之后他发现，那个他曾经憧憬过的学园第一美人远坂凛,居然是一个能力数一数二的魔术师，她冷冷地向他表示：除非他躲起来独善其身，但只要参加了圣杯战争，只能在杀人与被杀之中二者择一。士郎这个不想杀人只想救人的魔术师，该如何在这场杀戮的仪式之中生存下来？他能如他所想的一样去阻止这场杀戮吗？他那为正义而战的理想，又该怎样实现？