動畫劇情從男主角天津忠尋與可愛的巫女柚子的童年初會面開始；在動畫設定場景─廣島縣三次市特有的朦朧朝霧中，年幼的忠尋對柚子說：「如果朝霧要把妳帶走，我一定會緊緊捉住妳的！」故事就在兩人的承諾下逐漸展開……。身為天津大神後裔，具有「審神者」血統，能以左眼看到幽世的忠尋，和具有服侍神明的猿女族血統巫女三姊妹─柚子、珠和倉子，在數年後的三次車站相會。沒想到前來迎接忠尋的，竟是呼喚妖魔、頭戴天狗面具的傀儡師亂裁道宗？！寧靜的小鎮上，逐漸興起邪祟的闇影……。「朝霧的巫女」雖說是部奇幻中帶有搞笑風格的娛樂動畫，但因內容涉及歷史悠久的陰陽五行思想與民間神話，所以故事的背景設定與資料蒐集都相當完備；如DVD所附贈、印刷精美的彩色特典「動畫版『朝霧的巫女』月報」，詳列劇中用語辭典、設定背景「朝霧異聞錄」、人物家系相關圖及物語介紹漫畫，更收錄製作小組深入動畫舞台三次市拍攝的紀錄短片，恬淡美麗的小鎮風情，神秘奇幻的傳說信仰，都讓這部動畫「寓教於樂」的整體表現百分百，絕對是哈日族不可錯過的高水準作品。