这个动画所揭示的两个主题。第一个便是关于人类社会中普遍存在「历史」、「宗教」、「爱情」、「寿命」、「模样」的「生存」的问题。而另一个则是，科学和文明的发达让现代人直接的面对「环境」、「遗传」、「无性繁殖」、「机器人和人的关系」等的新问题。尽管「火鸟」是非常非常老的东西了，可是它对21世纪的我们来说也同样叙述着「人类的生命究竟为何物」的故事。火鸟居住的山麓，火之国居住着的少年纳吉，他重病的姐姐西娜库被飘洋过海而来的药师库斯里所救，从而两人相爱。就在两人婚礼之夜，库斯里突然离开婚宴去到海边，迎接耶马台国的女王卑弥呼，以及由耶马台国将军猿田彦带领的舰队。