旅途中，巧遇神奇宝贝训练家小凌的小智一行人，为了让疲累的神奇宝贝们休息，于是前往最近的神奇宝贝中心。该中心所在城市名为『绿色草原』听起来应该是个使人心境祥和的地方，没想到来到这绿色原镇时，面对突如其来的景象感到震撼，因为原本美丽的绿色草原镇，瞬间竟然变成了冰冷的结晶城……

原来独自孤独生活的少女小美，在某夜，因为将下落不明的父亲秀力博士所留下的未知图腾卡排列后，没想到却因此开启了可怕的「结晶世界」！

而传说中的神奇宝贝炎帝竟然将小智的妈妈带往结晶塔里去了！小智一行人是否能够将妈妈平安地救回来呢?