《健康全裸游泳社》主要讲述了一群，在海猫市县立海猫商业高等学校游泳部成员的故事。海猫商业学校游泳社，男生5人，女生12人，社团经理名为冲浦要。艳阳高照的5月，正进行着社团活动的游泳部，被海上突然来临的海之屋打破了平静。乘风而来的小木屋停在岸边，一只可爱的天然系美少女来到了大家的面前。而这位自称是新转校生的少女不仅衣着非常“清凉”造福了大批男生之外，带给大家的土产则是一条活蹦乱跳的鲨鱼并且用木筏式的小屋子冲从冲绳一路飘来神奈川加入了游泳部……于是故事就开始了。