在遙遠的4000年前，邪惡的黑暗種族 迪塞安 引起了的古代戰爭。傳說的勇者米特斯在聖地卡蘭與女神瑪蒂爾締結契約，將迪塞安封印，終結了戰爭，拯救世界。不過米特斯亦在這個時候，喪失了生命。

時間流逝，被封印的迪塞安再次出現，在西爾瓦藍特各地帶來恐怖。迪塞安 支配著人類，並在各地綁架人類，把他收容在被稱為「人類牧場」的生物實驗設施 。迪塞安除了支配之外，又在榨取瑪那使世界的衰亡。喘息的人們期待著「神子」的降臨，希望他能拯救世界。

故事的舞台，從鄰近瑪蒂爾教會聖堂的神託之村依莎莉亞開始。有一天，洛伊德在學校知道了青梅竹馬的少女柯蕾特就是神諭降臨，並是世界再生的重要鑰匙“瑪那血族”的後裔。為了拯救因榨取瑪那而正在衰退的西爾瓦藍世界，柯蕾特就作為「神子」展開世界再生的旅行。

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